被合并企业的税务处理问题是指在企业合并中被合并企业向合并企业转移各类资产所涉及的税务问题。在这里需明确企业合并中资产的转移不同于一般情况下资产的买卖，因为企业合并是企业整体产权的转移，并不是单项资产的买卖。

现区分不同资产类型加以论述。　　

企业合并涉及不动产、土地使用权转移的，对于被合并企业来说，免征营业税和土地增值税。

根据国家税务总局《关于纳税人资产重组有关营业税问题的公告》(国家税务总局公告2011年第51号)的规定，纳税人在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、债务和劳动力一并转让给其他单位和个人的行为，不属于营业税征收范围，其中涉及的不动产、土地使用权转让，不征收营业税。

根据财政部、国家税务总局《关于土地增值税一些具体问题规定的通知》规定，在企业兼并中，对被兼并企业将房地产转让到兼并企业中，暂免征收土地增值税。　　

企业合并涉及设备、存货等应纳增值税项目的资产时，根据根据国家税务总局《关于纳税人资产重组有关增值税问题的公告》(国家税务总局公告 2011年第13号)的规定，纳税人在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、负债和劳动力一并转让给其他单位和个人，不属于增值税的征税范围，其中涉及的货物转让，不征收增值税。　　

关于印花税，因为印花税税目为列举税目，如果是单纯的合并协议，则不要贴花;企业合并中涉及到的财产所有权等转让合同，需要贴花。同时根据《关于企业改制过程中有关印花税政策的通知》的规定，以合并或分立方式成立的新企业，其新启用的资金账簿记载的资金，凡原已贴花的部分可不再贴花，未贴花的部分和以后新增加的资金按规定贴花。　　

合并企业需要缴纳的税费，据合并企业支付的合并对价而定。

若合并企业支付的对价中涉及到不动产，则应视为销售不动产，缴纳营业税、城建税、印花税、土地增值税和企业所得税;若涉及到存货和设备，也应视为销售，缴纳增值税、城建税和企业所得税。　　关于合并企业的契税问题，根据财政部、国家税务总局《关于企业事业单位改制重组契税政策的通知》(财税[2012]4号)的规定，两个或两个以上的公司，依据法律规定、合同约定，合并为一个公司，且原投资主体存续的，对其合并后的公司承受原合并各方的土地、房屋权属，免征契税。　　

企业合并涉及的税收难点是所得税问题。根据财政部、国家税务总局《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税[2009]59号)的规定，关于企业合并的企业所得税问题，分为一般税务处理和特殊的税务处理。　　

通常情况下企业合并中，合并企业应按公允价值确定接受被合并企业各项资产和负债的计税基础。被合并企业应视为按公允价值转让、处置全部资产，计算资产的转让所得，依法缴纳所得税。被合并企业以前年度的亏损，不得结转到合并企业弥补。

被合并企业的股东取得合并企业的股权视为清算分配。　　

企业重组符合下列条件的，使用特殊性税务处理规定：　　(1)具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的;　　(2)被收购、合并或分立部分的资产或股权比例符合规定的比例;　　(3)企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动;　　(4)重组交易对价中涉及股权支付金额符合本规定的比例;　　(5)企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。　　企业合并在符合上述条件的前提下，可使用特殊税务处理，即企业合并，被合并企业股东在该企业合并发生时取得的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%，以及同一控制下且不需要支付对价的企业合并，可以选择按以下规定处理：　　(1)合并企业接受被合并企业资产和负债的计税基础，以被合并企业的原有计税基础确定;　　(2)被合并企业合并前的相关所得税事项由合并企业承继;　　(3)可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额=被合并企业净资产公允价值×截至合并企业业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率;　　(4)被合并企业股东取得合并企业股权的计税基础，以其原持有的被合并企业股权的计税基础确定。　　

特殊情况下的税务处理对企业而言在税收方面存在一定的优势，如甲企业合并乙企业，乙企业被合并时账面净资产为5000万元，评估公允价值为 6000万元。乙企业股东收到合并后企业股权5500万元，其他非股权支付500万元，则股权支付额占交易支付总额比例为92% (5500÷6000×100%)，超过85%，双方可以选择特殊性税务处理，即资产增值部分1000万元不缴纳企业所得税。同时，甲乙双方的股份置换也不确认转让所得或损失。假设此比例不超过85%，则资产增值部分1000万元要缴纳企业所得税250万元，股份支付也要确认所得或损失。　　另外，根据财税[2009]59号文件第六项规定，重组交易各方按规定对交易中股权支付暂不确认有关资产的转让所得或损失的，其非股权支付仍应在交易当期确认相应的资产转让所得或损失，并调整相应资产的计税基础。非股权支付对应的资产转让所得或损失=(被转让资产的公允价值-被转让资产的计税基础)×(非股权支付金额÷被转让资产的公允价值)。按上例，乙企业股东取得新合并企业股权5500万元，取得非股权500万元。假如乙企业股东原投入乙企业的股权投资成本为4000万元，则增值2000万元(5500+500-4000)。股东取得的非股权收入500万元对应的转让所得为 500÷6000×2000=166.7(万元)。股东取得新股的计税成本不是5500万元，而是3666.7万元(4000-500+166.7)。

这就是财税[2009]59号文件第六条第四项规定的“被合并企业股东取得合并企业股权的计税基础，以其原持有的被合并企业股权的计税基础确定”。　　因此，企业在进行合并时应区分不同的税务处理方式给企业带来的影响，权衡利弊，以选择正确有利的合并企业式。　　二、企业分立的税务问题　　企业分立包括被分立企业将部分或全部营业分离转让给两个或两个以上现存或新设的企业(以下简称分立企业)，为其股东换取分立企业的股权或其他财产的经济行为。　　

如同企业合并一样，根据上述国家税务总局公告2011年第13号、国家税务总局公告2011年第51号以及财税[2012]4号的规定，企业分立过程不涉及增值税、营业税、契税。同时，印花税与企业合并相同。

关于土地增值税，参考《土地增值税暂行条例》的相关规定以及《青岛市地方税务局房地产开发项目土地增值税清算有关业务问题问答》(青地税函[2009]47号)的规定，对分立企业承受被分立企业的不动产、土地使用权的，不征收土地增值税。　　

与企业合并一样，企业分立的难点也是所得税问题。根据(财税[2009]59号)的规定，分为一般税务处理和特殊的税务处理。　　

一般情况下，企业分立时，被分立企业对分立出去资产应按公允价值确认资产转让所得或损失;分立企业应按公允价值确认接受资产的计税基础;被分立企业继续存在时，其股东取得的对价应视同被分立企业分配进行处理;被分立企业不再继续存在时，被分立企业及其股东都应按清算进行所得税处理;企业分立相关企业的亏损不得相互结转弥补。　　在符合上述企业重组的特定条件下，被分立企业所有股东按原持股比例取得分立企业的股权，分立企业和被分立企业均不改变原来的实质经营活动，且被分立企业股东在该企业分立发生时取得的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%，可以选择按以下规定处理：　　1、分立企业接受被分立企业资产和负债的计税基础，以被分立企业的原有计税基础确定。　　

2、被分立企业已分立出去资产相应的所得税事项由分立企业承继。　　3、被分立企业未超过法定弥补期限的亏损额可按分立资产占全部资产的比例进行分配，由分立企业继续弥补。　　4、被分立企业的股东取得分立企业的股权(以下简称“新股”)，如需部分或全部放弃原持有的被分立企业的股权(以下简称“旧股”)，“新股”的计税基础应以放弃“旧股”的计税基础确定。如不需放弃“旧股”，则其取得“新股”的计税基础可从以下两种方法中选择确定：直接将“新股”的计税基础确定为零;或者以被分立企业分立出去的净资产占被分立企业全部净资产的比例先调减原持有的“旧股”的计税基础，再将调减的计税基础平均分配到“新股”上。　　因此，企业在进行分立时，要重视免税分立这种方式。选择这种方式即可以免缴企业所得税，又可以通过亏损弥补冲减利润。但这种方式下的资产计价是以账面价值为基础，这会影响以后分立企业的折旧费用，从而影响所得税税负，对此要综合考虑。